Действието в този компютърно-анимиран научнофантастичен филм се развива между „Междузвездни войни: Епизод II - Клонираните атакуват“ и „Междузвездни войни: Епизод III - Отмъщението на ситите“, водейки към телевизионната поредица със същото име.
Войната на клонингите се разраства из цялата галактиката, храбрите рицари-джедаи се опитват да въдворят ред и да възстановят мира в галактиката. Все повече системи падат под властта на Тъмната страна, докато Републиката се сражава срещу Сепаратистите и безкрайната им армия от дроиди. Анакин Скайуокър (Мат Лантър) и младата му ученичка Асока Тано (Ашли Екстайн) са на мисия, която ги изправя лице в лице срещу самия Джаба Хътянина (Кевин Майкъл Ричардсън). Но Граф Дуку (Кристофър Лий) и зловещите му подчинени, включително нечестивата Асадж Вентрес (Ника Футерман), няма да се спрат пред нищо, за да попречат на Анакин и Асока да изпълнят успешно мисията си. Междувременно на фронтовата линия на Войната на клонингите Оби-Уан Кеноби (Джеймс Арнолд Тейлър) и учителят Йода (Том Кейн) водят огромната армия от клонинги, опитвайки се да се противопоставят на силите на Тъмната страна.
