В пети сезон на „Старгейт: Атлантис”, екипът от храбрите изследователи продължава да се сблъсква с опасности, предизвикателства и несигурност в Галактиката „Пегас”. В драматичния край на четвърти сезон, лейтенант полковник Джон Шепърд (Джо Фланиган) най-накрая открива тайната на Майкъл и с д-р Родни МакКей (Дейвид Хюлeт) и Ронан Декс (Джейсън Момоа) се борят да спасят бременната Тейла (Рейчъл Лътрел). Но планът за завръщането на нашите герои се обърква и те се оказват в капан след масивна експлозия. В началото на пети сезон полковник Саманта Картър (Аманда Тапинг) подготвя спасителна мисия за да изтегли екипа, попаднал в капана. Неочаквано тя е отзована да се върне обратно на Земята, само след една година като ръководител на Атлантида. Като неин заместник от I.O.A. (Международният надзорен съвет) е назначен Ричард Уулси (Робърт Пикардо). Неговото бюрократично минало ще създаде трудности за отцепническия стил на Шепард. Брилянтния д-р Маккей ще бъде изправен пред изключително трудни лични проблеми, докато Тейла ще се учи как да интегрира майчинството в професията си на войн. Миналото на Ронан отново ще го преследва, а главния медицински офицер д-р Дженифър Келър (Джуъл Стейт) ще получи помощ от най-малко очакван източник. Както винаги екипът ще срещне и ще трябва да се изправи лице в лице срещу нови врагове, ще продължи да изгражда нови съюзи и да навлиза все по-дълбоко в тайнствата на Галактиката „Пегас”.