Бъдещето изглежда неясно за “Атлантис”, след като много от членовете на експедицията са сериозно ранени. Градът е разрушен, има проблем с щитовете, поради бързото изчерпване на ZPM и се носи в Космоса, откъснат от Земята. За да запазят малкото си останала енергия екипа предприема поправка на главните проводници. Уиър е заловен от асурианците и капитан Саманта Картър поема лидерството на екипа, след като успява да приземи “Атлантис” на нова планета. Четвърти сезон се концентрира върху противопоставянето на асуранците и “духовете”, както и върху бременността на Тейла Емаган.