Спасен от почти фатален сблъсък с Призраците, лейтенант Ейдън Форд се лекува в базата на „Атлантис“. Той се възстановява невероятно бързо, което навежда доктор Бекет на мисълта, че врагът е инжектирал във Форд опасен ензим, който може да доведе до трайни и непредвидими последици. Призраците не смятат да отстъпят лесно и продължават преследването на „Атлантис“, а Шепърд е обграден почти отвсякъде. Съвсем навреме се поява помощ в лицето но полковник Стивън Калдуел, командир на „Дедал“. Отрядът „Дедал“ е изпратен като подкрепление на „Атлантис“ от Земята, за да могат там да се справят с атаката на Призраците. Победата им обаче е краткотрайна, защото Призраците планират второ нападение с цялата си мощ. „Дедал“ едва ли ще могат да устоят на подобна опасност, затова доктор Родни Макей разработва алтернативен план, за който обаче трябва повече време. Джо Фланиган (Шепърд) и Дейвид Хюлет (Макей) са единствените актьори, които се появяват във всичките 10 епизода на „Старгейт Атлантис“.