Международен екип от учени и военни, които откриват в съзвездие Пегас нещо, което смятат за изгубения град Атлантида. Командир на програмата е генерал Джак О'Нийл, който решава начело на отряда да постави цивилен – д-р Елизабет Уиър. Когато пристигат на Атлантида, екипът открива невероятен и напреднал в технологично отношение град на дъното на океан. Там обаче дебне и нов враг.